国家基因库发表单细胞数据递交和可视化平台

2022-12-15 16:56:07 来源：阅读：

2021年12月29日，Journal of Genetics and Genomics 在线发表国家基因库生命大数据平台团队和深圳华大生命科学研究院精准健康研究所和超级细胞所团队合作题为“CDCP: a visualization and analyzing platform for single-cell datasets”的研究论文。该论文介绍了单细胞数据可视化分析平台CDCP可提供全面的单细胞数据资源和便捷的可视化在线分析工具。

CDCP是一个单细胞数据集成、共享、分析的综合平台。其主要功能包括：1. 用户可以在线获取CDCP收录数据集中样本的详细信息，并允许下载每个单细胞数据集的原始序列和表达矩阵；2. CDCP提供了一个共享和集成单细胞转录组学数据集平台，并允许用户上传数据，可以实时更新；3. CDCP允许使用tSNE细胞降维图、不同细胞类型的聚类分析图以及显示不同细胞类型数量的直方图对每个单细胞数据集进行可视化，其中多个基因在不同细胞类型或簇中的表达模式可通过聚类图和小提琴图显示。此外，CDCP还提供一个用户友好的分析流程，通过提供单细胞表达矩阵，用户可以在线对感兴趣的细胞数据集进行重新分析，包括数据质控、注释高度可变基因、降维/聚类、分析用于表征群体特征的标记基因等。